PRODEKO FLEXTER Depo yapısı, Alan, İstasyon, Depo ve Depo Bölümleri şeklinde dört hiyerarşik seviyede oluşturulmuştur. Alan, organizasyonun farklı lokasyonlarda bulunan üretim ve stok alanlarını temsil eder. İstasyonlar, alanlar içinde limitsiz olarak tanımlanabilir ve bir veya birden çok depoyu kapsayabilir. Her depo kendi içinde bir veya birden fazla bölüme ayrılabilir. Depoların kendi içlerinde tip ayrımları bulunmaktadır ve bu tiplere göre işlevleri değişiklik göstermektedir. Ayrıca, üretim işlemleri de özel tipte depolar rotasında yapılmaktadır. Bu yolla, atölye seviyesinde, malzemelerin geçtikleri ve/veya bulundukları aşama veya yer kesin olarak tespit edilir. Bu konu, "Üretim Kontrol Modülü" bölümünde izah edilmiştir.

Satınalınan malzemelerin depo girişi tesellüm işlemleriyle başlar. Kalite kontrol işlemleri, Satınalma Yönetimi Modülü tarafından bildirilen verilerle yani nitelik , nicelik ve zaman kriterleriyle gerçekleştirilir. Uygunsuz bulunan malzemeler, ana depo giriş işlemlerine alınmadan geri iade edilebilir. Bu işlemler sırasında, gelen malzemenin tanımları (irsaliye bilgileri) sisteme girilebilir ve kabul edilmediyse, detaylı olarak nedenleri kaydedilebilir. Burada, standart olarak oluşturulabilen soru formları ("questionnaire") doldurulması kullanıcıdan istenebilir ve bu yolla, tedarikçi, kargo servis firması vs. gibi ilgili firmaların performans istatistikleri, belli bir disiplin içinde derlenebilir. Kalite kontrolünden geçen malzemelein irsaliye kayıtları tesellüm kayıtlarından otomatik olarak oluşturulurlar ve depo girişleri yapılarak stoklara katılırlar. Satınalma siparişi yapılmış malzemenin stoklara girişi durumu Depo Yönetim Modülü tarafından Satınalma Yönetim Modülüne bildirilmektedir. İşlemle ilgili olan tüm modüller eş zamanlı olarak çalışmaktadır.

Depolar arası malzeme hareketleri sistem içinde tanımlı halde olmalarına rağmen her hareket ayrı ayrı veya gruplar halinde toplanarak uygun isimlerle etiketlenebilir. Bu sayede zaman içerisinde depolarda, üretimde gerçekleşen malzeme hareketlerinde hedef bilgiler istatistiksel olarak derlenebilmekte ve sayısız rapor, grafik vs gibi araçlarla değerli verilere ulaşılabilmektedir. Sistem "İlk Giren İlk Çıkar" (FIFO) ile "Gerçek Maliyetlerde", "Hareketli Ağırlıklı Ortalama" veya dönemsel olarak "Ağırlıklı Ortalama" metodlarıyla malzeme maliyet konusunu ele alabilmektedir. Son ürün ve kullanılan malzemelerde, ve ayrıca üretim işlemlerini gerçekleştiren iş istasyonları ve operatörlerde geriye doğru tam bir izlenebilirlik sağlanmıştır.